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法に基づいて自然再生事業を実施しようとする者は、自然再生協議会を組織し、自然再生の対象となる区域や自然再生の目標等を定めた自然再生全体構想及び自然再生事業の実施に関する計画（自然再生事業実施計画）を作成することとされています（法第８条及び第９条）。
令和７年度末までに、28の自然再生協議会が設立され、27の自然再生全体構想及び57の自然再生事業実施計画が作成されました。